納稅人有序有效的自查可按如下五個步驟進行：

第一步，制度、法規(guī)相對照，即企業(yè)內(nèi)部應納的各稅財會處理規(guī)定與相關稅收條例規(guī)定之間的對照自查。自查目的是了解企業(yè)制定的內(nèi)部財會規(guī)定與各稅法律法規(guī)之間是否存在差異，其差異是否會造成各稅種的違章。

第二步，制度執(zhí)行情況自查，即與各稅計算相關的企業(yè)內(nèi)部有關制度的執(zhí)行情況的自查。自查目的是明確企業(yè)內(nèi)部與各稅種計算相關的制度、流程執(zhí)行得怎樣?是否存在影響各稅計算準確性的因素?

第三步，納稅申報的自查。即通過賬證與納稅申報表的對照自查。自查目的是從中發(fā)現(xiàn)是否存在足額申報稅款的問題。

第四步，賬簿對應關系的自查。自查目的是通過賬簿數(shù)據(jù)的勾對關系自查是否存在各稅計算錯誤。

第五步，數(shù)據(jù)、指標分析，即對企業(yè)的一些財務數(shù)據(jù)按各稅法規(guī)具體要求進行對比。自查目的是從財務數(shù)據(jù)、指標角度看企業(yè)是否可能存在各稅違章問題。